工程基础实验室能够开设药物化学实验、水污染控制工程实验、微生物工程和酶工程等课程的实验教学，开设实验项目共计51个，承担的教学任务年均30000多学时，主要负责生物技术、生物科学、制药工程（生物制药）、环境工程以及食品质量与安全等专业的专业基础课实验教学。同时为校内外的科学研究、技术开发及技术服务提供研究场所。